از آنجایی که سرعت رشد علف‌های هرز در مناطق گرم بسیار سریع ولی رشد اولیه گیاهچه کنجد آهسته است، گیاه کنجد رقیب بسیار ضعیفی برای علف‌های هرز محسوب می‌شود و به بستر بذری عاری از علف‌های‌هرز نیاز دارد. بنابراین کنترل علف‌های هرز در مزارع کنجد از اصول اصلی افزایش عملکرد است. مهمترین علف‌های هرز مزارع کنجد عبارتند از آویارسلام، پیچک صحرایی، سوروف، خرفه، خارشتر، کهورک، گوشبره، تاجریزی و انواع ارزن وحشی.
علف‌های هرزی مانند گاورس یا انگشتی (Digitaria spp) و حلفه (Imperata spp) و سورگوم (Sorghom spp) یعنی علف‌های هرز مقاوم و قوی، باید قبل از کاشت دفع شوند؛ زیرا دفع آن‌ها در زمانی که کنجد در حال رشد است غیرممکن است، چون رشد آن‌ها بسیار سریع است. روش‌های کنترل علف‌های هرز مزارع کنجد عبارتند از کنترل زراعی و کنترل شیمیایی.