بیشترین مشکلات گیاهان آبزی از زمانی شروع می‌شود که این گیاهان در حال رشد انبوه و غیر طبیعی خود باشند. میزان رشد انبوه و غیرطبیعی گیاه معمولا به وسیله سطوح بالای مواد مغذی موجود در آب در نظر گرفته می‌شود. این مواد مغذی از میان رواناب حاصل از کودها، پسماند کشاورزی و ضعف در دفع مواد حاصل از سیستم‌های مواد عفونی آلوده وارد آب‌ها می‌شوند. مواد مغذی در آب سبب تسریع در رشد گیاه می‌شوند. مشکل دیگر می‌تواند ناشی از ورود گیاهان آبزی غیر بومی به یک دریاچه یا برکه باشد. گیاهی که از مکان اصلی خود به مکان دیگر منتقل شده و در میان یک محیط زیست جدید قرار گیرد را یک گیاه خارجی (غیر بومی) می‌نامند. گیاهان غیر بومی از اقلیم‌های دیگر مانند : آفریقا، جنوب آمریکاو آسیا منشا گرفته‌اند.
سایه‌اندازی
ایجاد سایه روی گونه‌های غوطه‌ور ماکروفیت به ویژه در مناطق حساس مثل ایستگاه‌های مورد نظر محققان و نواحی حفاظت شده‌ای که کنترل شیمیایی در آنها ممنوع می‌باشد، می‌تواند یک روش کنترل مؤثر باشد. سایه می‌تواند از طریق کشت درختان یا بوته‌های حاشیه آب ایجاد گردد. البته این درختان ممکن است در دسترسی به آب به عنوان مانعی مطرح شده و در همه شرایط مناسب نباشند. علاوه‌بر آن با استفاده از مواد کدر شناور بر روی آب می‌توان سایه را ایجاد نمود. ماندگاری این مواد چیزی حدود چهار ماه است و می‌تواند اثر کنترل را طولانی‌تر نماید. در استخرها و دریاچه‌های تفریحی می‌توان از مواد رنگی جاذب طول موج‌های فتوسنتزی استفاده نمود. می‌توان به کمک قایق‌های قوی، ماهی‌هایی را که در رسوبات کف رودخانه زندگی می‌کنند تحریک کرده و با افزایش گل‌آلودی آب مانع از نفوذ نور شد. این تکنیک معمولا در آب‌های راکد که مواد رسوبی و گل ولای طی مدتی طولانی روی هم انباشته شده است مؤثرتر است.
سوزاندن
علف‌های هرز برآمده از آب مثل نی که دارای ساقه‌های محکمی هستند همیشه در پاییز پوسیده و تجزیه نمی‌شوند و بعضا توده‌ای حجیم از بقایای علف هرز در آب تشکیل می‌شود (شکل 1).
شکل 1ـ علف هرز نی
در گودال‌های خشک شده و در حاشیه آبگیرها می‌توان این علف‌های هرز را سوزاند. این روش برای از بین بردن و یا کم کردن حجم علف‌های هرزی که ممکن است عدم پوسیدگی آنها باعث گرفتگی کانال‌های آب شود بسیار مؤثر است. سوزاندن می‌تواند پس از قطع و خشک شدن علف‌های هرز مورد استفاده قرار گیرد. این روش به خصوص برای علف‌های هرز سمی که سمیت آنها پس از مردن نیز باقی می‌ماند بسیار مؤثر است و این گیاهان را برای دام‌ها خوش خوراک می‌سازد.
تغییر سطح آب
پایین آوردن سطح آب در تمام یا بخشی از منبع آب می‌تواند در مدیریت علف‌های هرز به کار رود. در این روش علف هرز با از دست دادن آب و یا قرارگیری در معرض دمای پایین کنترل می‌شود. این فرایند گاهی آب‌کشیدگی گفته می‌شود. از تغییر سطح آب، می‌توان خصوصیات رسوبات را نیز تغییر داد و از این طریق رشد علف‌های هرز آبزی را کم کرد. البته در آب‌های عمیق با کاهش سطح آب، علف‌های هرز در اعماق پایین‌تر استقرار می‌یابند و پس از استقرار و با برگشت آب به سطح اولیه، برای بهره‌مندی بیشتر از نور به سطح قبلی خود برمی‌گردند. در چنین شرایطی این روش باعث پراکنش علف‌های هرز به نقاطی شود که که قبلا عاری از علف هرز بوده‌اند.
زند، اسکندری(1388). مدیریت علف‌های هرز (چاپ دوم). مشهد: انتشارات جهاد دانشگاهی مشهد.