اولین قارچ‌کش‌هایی که به منظور کنترل بیماری‌های گیاهی به‌کار گرفته شدند، ضد عفونی‌کننده‌های بذر بودند. یکی از دانشمندان در ابتدا سولفات مس را جهت ضد عفونی بذر توصیه کرد. اگرچه مصرف سولفات مس علیه سیاهک پنهان گندم کاملا مؤثر بوده است، اما نتایج نامطلوبی را نیز به همراه داشته است که از آن جمله خسارت دیدن بذر و گیاهچه‌های جوان بود. از سال 1861 در آمریکا متداول شده بود که بعد از خیساندن بذرهای گندم در محلول سولفات‌مس، بذرهای مرطوب را به‌وسیله پاشیدن آب آهک خیس نمایند. در سال 1873 محقق دیگری گزارش نمود که افزودن آهک به محلول سولفات‌مس از خاصیت گیاه‌سوزی (شکل 1) آن می‌کاهد. یکی دیگر از موارد نامطلوب سولفات‌مس، عدم تاثیر آن روی سیاهک آشکار گندم بود.
شکل 1- گیاه‌سوزی ایجاد شده در برگ انگور
حالت دیگر ضد عفونی بذر محافظت از بذر است که در ادامه توضیح داده خواهد شد.
ج- محافظت بذر
اساس محافظت بذر بر این اصل استوار است که اطراف بذر و گیاهچه جوان را یک لایه قارچکش احاطه نماید و آن را بخصوص در مرحله‌ای که بسیار آسیب‌پذیر است، از آلوده شدن توسط عوامل بیماری‌زای خاکزاد محافظت نماید. بسیاری از عوامل بیماری‌زای گیاهی جز انگل‌های اختیاری هستند و به استثنای دوره کوتاهی که حساسیت به آلودگی در بالاترین نقطه خود می‌باشد و محیط نیز برای آلوده شدن بسیار مساعد است، در سایر زمان‌ها نمی‌توانند به گیاه حمله کرده و آن‌ر ا بیمار کند.
بسیاری از ترکیبات آلی که به منظور زدودن عوامل بیماری‌زا از سطح بذر به کار گرفته می‌شوند در عین حال محافظت را نیز انجام می‌دهند. ضدعفونی بذر گندم به وسیله هگزاکلربنزن نه تنها عوامل بیماری‌زا را از سطح بذر می‌زداید بلکه بذر را نیز از حمله تلیوسپورهای موجود در خاک محافظت می‌کند. کاپتان به عنوان یک محافظت کننده کار آمد، بخصوص برای محافظت بذر نخود، لوبیا، باقلا از پاتوژن‌های خاکزی در سطح بسیار وسیعی به کار گرفته می‌شود. کاپتان، تیرام و دی‌ای‌کلون معمولا به طریق ضدعفونی مرطوب مورد استفاده قرار می‌گیرند.
در رابطه با ضد عفونی بذر پیاز علیه سیاهک (شکل 2)، یک مورد کاملا غیرعادی وجود دارد، به‌طوری که فرمالدئید مایع به بذر پیاز آسیب می‌رساند و کاربرد آن نیز به وسایل خاصی نیاز دارد. پودرهای قارچ‌کشی که به‌کار گرفته می‌شوند به اندازه کافی بذر را محافظت نکرده، لذا برای به‌کارگیری آن‌ها تضمینی وجود ندارد. یکی از دلایل عدم موفقیت کامل این است که، قارچکش باید منطقه‌ای را که بین ریشه و سطح خاک است محافظت نماید، زیرا بذر پیاز همراه با لپه‌های اولیه رشد نموده و به طرف سطح خاک رانده می‌شود، در این حالت مقدار کافی از قارچکش در اطراف وجود ندارد تا خاک اطراف آن‌را ضد عفونی کند. فرمالدئید اگر به صورت مایع به‌کار گرفته شود به سرعت تبخیر شده و در نتیجه به اندازه کافی خاک اطراف بذر را ضد عفونی نمی‌کند. با افزودن یک قارچکش مانند کاپتان، تیرام یا هگزاکلروبنزن و چسبیدن آن به سطح بذر، نتیجه مطلوب‌تری حاصل خواهد شد. روشی که به‌کار گرفته می‌شود به این ترتیب است، محلول رقیقی از متوسل یا استات سلولز را به عنوان ماده چسباننده به‌کار می‌برند، سپس پیاز را با گرد قارچکش مخلوط می‌کنند، به‌طوری که گرد، سطح خارجی بذر را کاملا بپوشاند و آن را محافظت نماید.
شکل 2- سیاهک پیاز
به دلایل زیر نمی‌توان قارچکش مطلوب و مؤثری برای ضد عفونی بذر توصیه نمود:
به این ترتیب توصیه خاصی برای مصرف یک قارچکش با نام تجاری مشخص امکان‌پذیر نیست و توصیه‌ها دائما در حال تغییر هستند.
طالبی جهرمی، خلیل (1391). سم‌شناسی آفت‌کش‌ها (چاپ چهارم). تهران: مؤسسه چاپ و انتشارات دانشگاه تهران.