شناسايي مولكولي عامل بيماري
شناسایي مولکولي سویه‌هاي باکتري C .michiganensis subsp. michiganensis ، به روش واکنش زنجيره‌اي پليمراز و با استفاده از آغازگرهای ختصاصي PSA4/PSAR یا PSA8/PSAR و CMM5/ CMM6 قابل انجام است.
مديريت تلفيقي بيماري
به دليل بذربرد بودن بيماري و بقاء طولاني مدت باکتري عامل بيماري در سطح و اندوسپرم بذر، ابزارآلات کشاورزي و بقایاي گياهي، کنترل آن بسيار مشکل است. استفاده از ارقام مقاوم و سازگار با محيط زیست مي‌تواند در کنترل بيماري بسيار موثر باشد اما در حال حاضر رقم تجاري مقاومي در برابر این بيماري معرفي نشده است. از این‌رو، با رعایت اصول بهداشتي و برخي راهکارهاي زراعي، شيميایي و زیستي ميتوان از بروز بيماري و یا شدت خسارت آن جلوگيري نمود.
1-استفاده از بذر و نشاء سالم
استفاده از بذر و نشاء سالم، موثرترین روش در پيشگيري و کنترل بيماري است. رعایت قوانين قرنطينه‌اي براي تجارت بذر، آزمون سلامت بذر با روش‌هاي مناسب و پذیرفته شده و تيمار بذرهاي مشکوک به آلودگي با آب گرم (52 درجه سلسيوس به مدت 25 تا 30 دقيقه) در کاهش انتشار و شيوع بيماري بسيار موثر است.
2-رعايت اصول بهداشتي در گلخانه و مزرعه
-رعایت اقدامات بهداشتي در گلخانه‌هاي توليد نشاء و کشت هيدروپونيک مانند ضدعفوني سکوها، سيني‌هاي کاشت نشاء، ضدعفوني بسترها، استفاده از لباس تميز، شستن دست‌ها توسط کارگران و ضدعفوني ابزارهاي کشاورزي ضروري است. در صورت استفاده از قيم‌هاي چوبي، قيم‌ها باید بخاردهي یا ضدعفوني شوند.
- پایش مستمر مزرعه و گلخانه و حذف بوته‌هاي داراي علائم آلودگي در جلوگيري از انتشار بيماري به گياهان سالم موثر است.
-آبياري گياهچه‌ها باید متناسب با سن گياه باشد، به‌طوري که شاخساره قبل از شب خشک شوند. اجتناب از آبياري باراني و عدم ورود کارگران به گلخانه و مزرعه، در مواقعي که سطح گياهان خيس هستند، موجب کاهش انتشار بيماري مي‌شود.
-حذف علف‌هاي هرز بویژه علف‌هاي هرز خانواده سولاناسه، داخل یا نزدیک مزارع و گلخانه‌هاي کاشت گوجه‌فرنگي، خودداري از انباشت بقایاي گوجه‌فرنگي، فلفل و سایر ميزبان‌ها در نزدیکي گلخانه یا مزرعه، شخم بقایاي گياهي و مدفون کردن آنها بالفاصله بعد از برداشت محصول و ترجيحا سوزاندن آنها موجب کاهش مایه آلودگي مي‌گردد.
3-روش‌هاي زراعي
-تقویت گياه با مصرف بهينه کودهاي شيميایي و زیستي موجب کاهش خسارت بيماري مي‌شود.
-تناوب سه تا چهار ساله با گياهان غيرميزبان در کاهش بيماري تاثيرگذار است.
4-مبارزه شيميايي
ترکيبات مسي مانند اکسي‌کلرور مس (سه در هزار)، بردو (یک درصد) و سایر ترکيبات با خاصيت باکتري‌کشي مانند استرپتومایسين به تنهایي یا در ترکيب با یکدیگر براي کاهش خسارت بيماري مورد استفاده قرار گرفته‌اند. در برخي منابع، به استفاده از سم مانکوزب در ترکيب با سموم مسي جهت کنترل این بيماري اشاره شده است اما بر اساس آخرین تغييرات ليست سموم مجاز سازمان حفظ نباتات کشور، مصرف مانکوزب در سبزیجات به دليل تازه‌خوري مجاز نمي‌باشد. در مورد کاربرد ترکيبات شيميایي، باید توجه داشت که این ترکيبات در کاهش شدت بيماري و انتشار آن نقش دارند اما هيچکدام موجب کنترل کامل بيماري نمي‌شوند و در برخي موارد ترکيبات مسي سبب گياه‌سوزي یا ایجاد مقاومت در بيمارگر مي‌گردند. ترکيبات ضدميکروبي ارگانيک مانند فراگارین، اندوليزین باکتریوفاژي، روغن‌هاي اسانسي و ترکيبات شيميایي فعال‌کننده سيستم دفاعي گياه شامل سالسيليک‌اسيد، جاسمونيک‌اسيد و اسي‌بنزولار اس متيل در کاهش و کنترل بيماري موثر هستند.
شکل1- علائم بیماری شانکرباکتریایی گوجه‌فرنگی
5-مهار زيستي
چندین عامل بيوکنترل با اثر آنتاگونيستي عليه عامل این بيماري در شرایط گلخانه و مزرعه گزارش شده است. سویه‌هایي از سودمونادهاي فلورسنت، Bacillus subtilis، Streptomyces spp.، Trichoderma harzianum، Rhodosporidium diobovatum، و باکتریوفاژها از جمله عوامل بيوکنترل با خاصيت آنتاگونيستي عليه عامل بيماري هستند اما هنوز فاصله زیادي براي استفاده از آنها به عنوان یک روش کنترل موفق بيماري در مزرعه وجود دارد.